La solución es actualizar el Java, ya uses Snow Leopard o Lion, son, respectivamente, la Actualización 8 de Java para Mac OS X 10.6 y Java para OS X Lion 2012-003.
Además estas actualizaciones configuran el plug-in de Java para Safari para desactivar la ejecución automática de applets Java, y aunque el usuario vuelva a activarla si al cabo de 35 días no se ha ejecutado ningún applet se vuelve a desactivar.